2030年、世界の大都市は正体不明の巨大兵器を操るテロリストによって破壊された。彼らは自らを「トコシエ」と名乗り、圧倒的な力によって街を蹂躙し……姿を消した。それから10年後の2040年、東京。閉塞した日々を送る男子高校生・月見の前に、一人の転校生が現れた。
どこか浮世離れしたこの少年と出会った日から、月見の「人類の存亡を懸けた、命がけの学園生活」が始まった――！